Au XVIII et XIX siècle, les épidémies diverses se multiplient dans le marais de Brouage. De gros travaux d’assainissement le transforment et lui donnent ses caractéristiques actuelles. Le patrimoine des villages qui bordent l’ancien golfe de Saintonge et la citadelle de Brouage témoignent de l’opulence financière générée par la culture du sel jusqu’à la Renaissance. Mais au XVII et XVIII siècle, l’envasement des chenaux, les abus de la fiscalité et le développement de la concurrence conduisent à une déprise des marais salants. La situation sanitaire se dégrade dans la région. Au XIX siècle, l’abbé Métais relate au sujet de Saint-Agnant « les marais détruits remplis d’une eau morte qui n’est ny douce ny sallée et qui donne dans les chaleurs de l’été, lorsqu’elle se putréfie dans les conches et le jat des exhalations d’une puanteur insupportable que ce bourg est réduit aujourd’hui à une dixième partie des habitants par les maladies épidémiques, les fièvres putrides, malignes et scorbutiques. » Pour sa part, le sous-préfet de Marennes, Charles-Esprit Le Terme écrit à l’administration supérieure en 1823 : « Point de routes certaines pour sortir de cet inextricable labyrinthe ; à peine quelques cabanes éparses, quelques pâtres dont les traits livides révèlent l’inévitable consomption ; chaque année, les fièvres lentes et endémiques, que développe cette influence, minent et déciment à plusieurs lieues de distance la population des communes environnantes dont la mortalité dépasse de nouveau le treizième de la population... » En 1782, Guéau de Reverseaux, intendant de La Rochelle avait pourtant entrepris des travaux d’assainissement, mais vite abandonnés durant la Révolution. Ils sont repris par les ingénieurs du XIXe siècle qui bâtissent des écluses pour empêcher l’eau de mer d’entrer. Charles-Esprit Le Terme élabore un plan général de dessèchement publié en 1826 sous le titre « règlement général des marais ». Celui-ci s’appuie sur la remise en état et le complément du système gravitaire de canaux. En 1862, ces derniers se déversent enfin dans le canal de jonction de la Bridoire qui relie la Charente à la Seudre. Et c’est ainsi que deux marais, celui de la Seudre et celui de Brouage, si semblables au XVIe siècle par leurs paysages et leur économie, connaissent finalement des destinées si différentes. Le premier, entretenu naturellement par la Seudre, reste dans le domaine de l’eau salée. On y élève d’ailleurs des huîtres. Le deuxième, au contraire, se défend dorénavant de l’eau venue de la mer. Il est alimenté par les pluies et le cas échéant par la Charente. Il est devenu un marais doux voué à l’élevage de bovins principalement.
